cmake fornisce una serie di moduli per trovare automaticamente nel sistema le librerie ed altre componenti necessarie per la compilazione, vedere la directory /usr/share/cmake-2.8/Modules/.

Il risultato di ogni modulo in generale è quello di settare delle variabili di ambiente. È possibile avere la lista dei moduli disponibili e interrogare ciascun modulo con un comando del tipo:

cmake --help-module-list
cmake --help-module FindPythonInterp

Se si vuole forzare una variabile a contenere un valore diverso da quello restituito dal modulo, dovrebbe essere sufficiente passare un argomento -D a cmake:

cmake -D PYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python2.5