Esistono molte implementazioni di Unionfs:

• L'implementazione di www.filesystems.org, si tratta di un modulo kernel che tuttavia non è incluso nel kernel ufficiale. È disponibile per kernel recenti (anche l'ultimo 2.6.32) ed è alla sua seconda versione. Debian ha incluso fino alla versione 4 Etch il pacchetto unionfs-modules-* con il relativo unionfs-tools e unionfs-source. Il pacchetto è stato abbandonato in favore di aufs con questo annuncio.
• L'implementazione aufs.sourceforge.net, anch'essa alla versione 2, è nata come fork di unionfs versione 1. Debian 5 Lenny include i pacchetti aufs-modules-*, aufs-tools e aufs-source. Anche in questo caso Linus ha rifiutato l'inclusione nel kernel ufficiale.
• unionfs-fuse implementazione di unionfs in user-space tramite fuse.